PC向けの検索結果ページと、スマートフォン向けの検索結果ページは、それぞれ異なる要因を加味して決定されるため、検索順位に差が生じますが、その差の大きさは、サイトや検索語によって様々です。
PCで常に5位以内にいるサイトが、スマートフォンでは常に圏外（100位以下）といったような、大きな差が生じることもあるようですが、検索エンジン側の仕様のため、はっきりした詳細は分かりません。

貴サイトのPCとスマートフォンの検索順位の差は、主要な検索語で実際に検索を行なってみて、ご確認ください。